El municipio se fundó por merced de tierras concedidas a los naturales, de acuerdo al acta de fundación, que se encontraba en el archivo del Templo de San Juan Evangelista. Era lugar teniente del Rey, el Virrey Don Luis de Velasco, cuando se firmó el día 5 de enero 1560, por mandato del señor Virrey Antonio de Turcios.
Se establecieron varias haciendas que usaron la mano indígena de la zona, estas haciendas formaron parte de uno de los principales centros productivos agrícolas del estado de Michoacán. Después de la Independencia de México, contaba con una población de 3,916 habitantes, que se dedicaban principalmente a la agricultura, arriería, curtido de pieles y transporte de mercancías.
Se constituyó con categoría de municipio por acuerdo de la Ley Territorial del 10 de diciembre de 1831.
Posteriormente en 1859 se nombró a su cabecera Villa Echeverría en honor al coronel Arcadio Echeverría.
Y en 1861, se le dio el nombre de Penjamillo de Degollado, en memoria del célebre liberal Don Santos Degollado.